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一、概念及其构成
传染病菌种、毒种扩散罪，是指从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员，违反国务院卫生行政部门的有关规定，造成传染病菌种、毒种扩散，后果严重的行为。本罪是选择性罪名。
本条系1997年《刑法》吸收修改附属刑法的规定。1989年《传染病防治法》第三十八条规定：”从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员，违反国务院卫生行政部门的有关规定，造成传染病菌种、毒种扩散，后果严重的，依照刑法第一百十五条的规定追究刑事责任；情节轻微的，给予行政处分。”此处的“刑法第一百一十五条的规定”是指1979年《刑法》规定的危险物品肇事罪。1997年《刑法》对上述规定作出修改，配置独立的法定刑。
（一）客体要件
本罪侵犯的客体是国家关于传染病防治的管理制度，具体是国家的传染病菌种、毒种管理制度。
在整个传染病防治工作中，传染病菌种、毒种的分离、引进、培养、试验以及传染病菌苗、疫苗的生物制品研制开发、生产使用占据着重要一环。如果疏于对传染病菌种、毒种实验、保藏、携带、运输工作进行规范严格科学细致的管理，一旦造成传染病菌种、毒种扩散失控，则不但无法实现从事这项工作以防治传染病的善良愿望。反而会变成传染病发生、传播乃至流行的肇因，酿成严重危害或威胁公众生命健康安全以及公私财产安全的恶果，并导致整个传染病防治工作的失败。国家对传染病菌种、毒种的引进、供应、保藏、携带、运输、实验以及菌苗、疫苗等生物制品的生产、储存、运输、销售、供应、使用等制定了一系列严重的管理制度。一方面，1989年9月1日起施行的2013年6月29日修正的《传染病防治法》及1991年12月6日施行的《传染病防治法实施办法》中对传染病菌种、毒种的实验、保藏、携带、运输以及用于预防传染病的菌苗、疫苗等生物制品的生产、经营作了一般性管理规定；另一方面，国家又制定了防止传染病菌种、毒种扩散的专门性管理办法，如《建立健全医院内感染管理组织的暂行办法》、《中国医学微生物菌种保藏管理办法》等等。这些规定是防止传染病菌种、毒种扩散的制度保障，必须严格遵守。而传染病菌种、毒种扩散罪直接违反了上述规定，首先干扰和破坏了国家关于传染病防治的管理制度，并进而严重危害或威胁广大人民群众的生命健康安全和公私财产安全，应予严惩。
本罪的犯罪对象是传染病菌种、毒种。
“传染病菌种、毒种”，根据《传染病防治实施办法》第十六条的规定，分为下列三类：一类：鼠疫耶尔森氏菌、霍乱弧菌；天花病毒、艾滋病病毒；二类：希氏菌、炭疽菌、麻风杆菌、肝炎病毒、狂犬病毒、出血热病毒、登革热病毒；斑疹伤寒立克次体；三类：脑膜炎双球菌、链球菌、淋病双球菌、结核杆菌、百日咳嗜血杆菌、白喉棒状杆菌、沙门氏菌、志贺氏菌、破伤风梭状杆菌；钩端螺旋体、梅毒螺旋体；乙型脑炎病毒、脊髓灰质炎病毒、流感病毒、流行性肋腺炎病毒、麻疹病毒、风疹病毒。
（二）客观要件
本罪在客观方面表现为违反国务院卫生行政部门的有关规定，造成传染病菌种、毒种扩散，后果严重的行为。
“国务院卫生行政部门的有关规定”，主要是指：违反传染病防治及其实施办法等有关规定。传染病菌种、毒种的保藏、携带、运输，必须按照国务院卫生行政部门的规定严格管理。具体包括：菌（毒）种的保藏由国务院卫生行政部门指定的单位负责；一、二类菌（毒）种的供应由国务院卫生行政部门指定的保藏管理单位供应。三类菌（毒）种由设有专业实验室的单位或者国务院卫生行政部门指定的保藏管理单位供应；使用一类菌（毒）种的单位，必须经国务院卫生行政部门批准；使用二类菌（毒）种的单位，必须经省级政府卫生行政部门批准；使用三类菌（毒）种的单位，应当经县级政府卫生行政部门批准；一、二类菌（毒）种，应派专人向供应单位领取，不得邮寄；三类菌（毒）种的邮寄必须持有邮寄单位的证明，并按照菌（毒）种邮寄与包装的有关规定办理。
“传染病菌种、毒种扩散”，是指造成储存传染病菌种、毒种的密器破损、丢失、被盗，或被传染病菌种、毒种所污染的物品未经消毒、灭菌处理而被带入公共场所。
本罪是结果犯，实施了本条规定的行为，必须造成严重后果的，才能构成本罪。
“后果严重”，是指引起甲类传染病、艾滋病、肺炭疽传播或有传播严重危险的；造成艾滋病、肺炭疽之外的乙类、丙类传染病大面积传播的；造成大量传染病菌种、毒种扩散的；因传染病菌种、毒种扩散造成国家关于传染病防治管理秩序严重混乱的；致使公私财产遭受直接、间接的损失巨大的等等。
根据2008年6月25日发布2017年4月27日修订的《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）》第50条的规定：从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员，违反国务院卫生行政部门的有关规定，造成传染病菌种、毒种扩散，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：（1）导致甲类和按甲类管理的传染病传播的；（2）导致乙类、丙类传染病流行、暴发的；（3）造成人员重伤或者死亡的；（4）严重影响正常的生产、生活秩序的；（5）其他造成严重后果的情形。
根据2020年2月6日《最高人民法院、最高人民检察院、公安部、司法部关于依法惩治妨害新型冠状病毒感染肺炎疫情防控违法犯罪的意见》的规定：从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员，违反国务院卫生行政部门的有关规定，造成新型冠状病毒毒种扩散，后果严重的，依照刑法第三百三十一条的规定，以传染病毒种扩散罪定罪处罚。
（三）主体要件
本罪的主体为特殊主体，只限于从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员，而且只能是依照国家有关规定享有从事传染病菌种、毒种实验、保藏、携带、运输工作资格的单位中的直接负责的主管人员和其他直接责任人员。不具有从事传染病菌种、毒种实验、保藏、携带、运输的资格，而擅自从事上述事务，因而引起菌种、毒种扩散的，不能以本罪论。
（四）主观要件
本罪在主观方面表现为过失。即行为人对其违反国务院卫生行政部门的有关规定造成的后果是出于过失的心理态度。至于行为人违反规定的行为本身当然是故意的，但由于行为人对损害结果的发生出于过失，所以本罪仍然属于过失犯罪。
二、认定
（一）本罪与一般违法行为的界限
本罪与违反国务院卫生行政部门作出的有关传染病菌种、毒种的实验、保藏、携带、运输的规定的一般违法行为有某些相似之处，如二者都是违反了有关规定，主观上对可能发生或已经发生的危害结果所表现出的心理状态均为过失，等等。二者的主要界限应从危害结果上把握：前者必须造成了传染病菌种、毒种扩散，并且引发了严重后果；后者则可能是并未引起菌种、毒种的扩散，或者是虽已造成传染病菌种、毒种的扩散，但带来的后果并不严重。
（二）本罪与危险物品肇事罪的区分
二者的区别主要是：
1、侵害客体不同。本罪侵害的主要客体是国家关于传染病防治的管理制度；危险物品肇事罪侵害的主要客体则是公共安全。
2、犯罪对象的性质不同。本罪的犯罪对象是传染病菌种、毒种属有机物，其主要特点是传染性；危险物品肇事罪的犯罪对象之一毒害性物品应是指敌敌畏、敌百虫、砒霜、氰化钾、氰化钠、氧化乐甲等无机物，强调的是其剧毒性。两者存在显著差异。
3、犯罪主体不同。本罪的主体为特殊主体，即只限于从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员；危险物品肇事罪的主体是一般主体，任何具备刑事责任能力的自然人均可构成该罪。
三、处罚
犯本罪的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。
“后果特别严重”，目前尚无司法解释或者相关规定。
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